MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius Tc-4-1 chromosome

Total Repeats: 7206

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017167	GCT	2	6	1597	1602	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017167	AGGGA	2	10	1609	1618	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017167	TGT	2	6	4127	4132	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017167	AC	3	6	6075	6080	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_017167	GC	3	6	8594	8599	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
6	NC_017167	GC	3	6	8610	8615	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7	NC_017167	GAG	2	6	8636	8641	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017167	GAG	2	6	8788	8793	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017167	GTG	2	6	9601	9606	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017167	GC	3	6	9706	9711	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11	NC_017167	CGC	2	6	10601	10606	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_017167	GGC	2	6	10613	10618	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017167	CG	3	6	10627	10632	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017167	AC	3	6	10663	10668	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_017167	ACC	2	6	10672	10677	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_017167	GGC	2	6	10758	10763	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017167	GCG	2	6	10806	10811	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017167	GAG	2	6	10896	10901	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017167	TCT	2	6	10905	10910	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017167	GA	3	6	10938	10943	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017167	CCA	2	6	10983	10988	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_017167	CGA	2	6	10992	10997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017167	GCA	2	6	11066	11071	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017167	CGC	2	6	11113	11118	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_017167	GAA	2	6	11125	11130	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017167	CAG	2	6	11235	11240	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017167	CTTGA	2	10	11362	11371	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017167	GGA	2	6	11426	11431	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017167	TGAC	2	8	11463	11470	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_017167	G	6	6	11551	11556	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017167	AC	3	6	11557	11562	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_017167	GAA	2	6	11687	11692	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017167	CCTTC	2	10	11736	11745	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
34	NC_017167	GGT	2	6	11761	11766	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017167	GTC	2	6	11775	11780	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017167	TCGTG	2	10	11784	11793	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017167	GGA	2	6	11888	11893	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017167	ATC	2	6	11912	11917	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017167	AC	3	6	11939	11944	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_017167	AC	3	6	12108	12113	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_017167	CAC	2	6	12123	12128	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_017167	AGCC	2	8	12174	12181	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_017167	GAT	2	6	12197	12202	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017167	CCT	2	6	12253	12258	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_017167	G	6	6	12290	12295	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017167	GT	3	6	12300	12305	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017167	CT	3	6	12327	12332	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_017167	GGA	2	6	12334	12339	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017167	GAA	2	6	12416	12421	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017167	CAG	2	6	12513	12518	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017167	AGT	2	6	12606	12611	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017167	GCGA	2	8	12613	12620	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_017167	GGA	2	6	12625	12630	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017167	GCG	2	6	12693	12698	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017167	AGCC	2	8	12710	12717	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_017167	GGCC	2	8	12749	12756	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
57	NC_017167	CG	3	6	12785	12790	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
58	NC_017167	ACC	2	6	12855	12860	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_017167	GCGA	2	8	13035	13042	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_017167	GGA	2	6	13052	13057	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017167	AAGCGA	2	12	13068	13079	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017167	GCGA	2	8	13391	13398	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_017167	AGC	2	6	13511	13516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017167	CAT	2	6	13517	13522	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017167	CCG	2	6	13722	13727	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_017167	ACC	2	6	13831	13836	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_017167	AGG	2	6	13864	13869	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017167	AGC	2	6	13904	13909	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017167	GGGA	2	8	13960	13967	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017167	GC	3	6	14075	14080	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
71	NC_017167	GGA	2	6	14148	14153	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017167	AGG	2	6	14263	14268	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017167	CGG	2	6	14315	14320	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017167	GA	3	6	14413	14418	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017167	GTA	2	6	14431	14436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017167	ACC	2	6	14586	14591	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_017167	GTT	2	6	14603	14608	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017167	CCT	2	6	14674	14679	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_017167	CG	3	6	14727	14732	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
80	NC_017167	GGT	2	6	14810	14815	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017167	CGT	2	6	15005	15010	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017167	ACCG	2	8	15089	15096	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
83	NC_017167	GAAG	2	8	15211	15218	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017167	GAC	2	6	15233	15238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_017167	AAG	2	6	15345	15350	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017167	GCGA	2	8	15369	15376	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_017167	AG	3	6	15433	15438	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017167	CGA	2	6	15485	15490	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_017167	GCGA	2	8	15510	15517	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_017167	CGAG	2	8	15549	15556	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
91	NC_017167	CCT	2	6	15661	15666	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_017167	AGGT	2	8	15671	15678	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017167	CCT	2	6	15743	15748	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_017167	CT	3	6	15778	15783	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_017167	GGGC	2	8	15860	15867	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
96	NC_017167	TG	3	6	15945	15950	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017167	TAC	2	6	17586	17591	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017167	AAT	2	6	17592	17597	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017167	CGGT	2	8	17620	17627	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
100	NC_017167	CCG	2	6	18581	18586	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_017167	GA	3	6	18599	18604	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017167	GGA	2	6	18605	18610	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017167	GAG	2	6	20505	20510	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017167	GCGT	2	8	21008	21015	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
105	NC_017167	TAA	2	6	22826	22831	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017167	GGT	2	6	22876	22881	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017167	GTC	2	6	22976	22981	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_017167	CAA	2	6	23001	23006	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_017167	CATG	2	8	23012	23019	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_017167	AGG	2	6	23047	23052	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017167	GGA	2	6	23257	23262	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017167	GT	4	8	23341	23348	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017167	GTTCT	2	10	23400	23409	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017167	GAT	2	6	23414	23419	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017167	ATC	2	6	23617	23622	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_017167	CGTG	2	8	23654	23661	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
117	NC_017167	CTGT	2	8	23697	23704	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_017167	TGT	2	6	23717	23722	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017167	ACT	2	6	23753	23758	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017167	CCG	2	6	25821	25826	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_017167	CGG	2	6	25833	25838	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017167	GTC	2	6	25844	25849	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_017167	AGG	2	6	26092	26097	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017167	TCCG	2	8	26135	26142	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
125	NC_017167	TAGG	2	8	26156	26163	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017167	GGT	2	6	26222	26227	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017167	ATC	2	6	26262	26267	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_017167	TGAA	2	8	26309	26316	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017167	A	7	7	26315	26321	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017167	GA	3	6	26329	26334	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017167	CGAG	2	8	26381	26388	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_017167	CGA	2	6	26406	26411	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_017167	ACG	2	6	28213	28218	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_017167	GCG	2	6	28421	28426	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017167	C	6	6	28440	28445	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
136	NC_017167	ACCA	2	8	29929	29936	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_017167	CGA	2	6	33131	33136	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_017167	GGC	3	9	33147	33155	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_017167	GA	3	6	33158	33163	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017167	ATC	2	6	33186	33191	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_017167	GGGC	2	8	33260	33267	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
142	NC_017167	TCC	2	6	36060	36065	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
143	NC_017167	GAG	2	6	36143	36148	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017167	AG	4	8	36191	36198	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017167	GTT	2	6	36227	36232	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017167	CA	3	6	36255	36260	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_017167	CAGAA	2	10	36314	36323	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
148	NC_017167	GA	3	6	36344	36349	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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151	NC_017167	T	7	7	37891	37897	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_017167	TCG	2	6	38757	38762	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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186	NC_017167	GCC	2	6	46646	46651	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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291	NC_017167	GGC	2	6	98878	98883	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
292	NC_017167	TC	3	6	100293	100298	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
293	NC_017167	CCT	2	6	101088	101093	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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332	NC_017167	CG	3	6	121482	121487	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
333	NC_017167	GGC	2	6	121540	121545	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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424	NC_017167	ATGT	2	8	151633	151640	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
425	NC_017167	GAA	3	9	151656	151664	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
426	NC_017167	GA	3	6	151694	151699	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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428	NC_017167	GA	3	6	151905	151910	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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430	NC_017167	TG	3	6	152089	152094	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
431	NC_017167	GGA	2	6	152118	152123	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
432	NC_017167	A	6	6	152188	152193	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
433	NC_017167	CTTC	2	8	152215	152222	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
434	NC_017167	AGAT	2	8	152281	152288	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
435	NC_017167	TCA	2	6	152323	152328	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
436	NC_017167	GAT	2	6	152371	152376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
437	NC_017167	GATT	2	8	152435	152442	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
438	NC_017167	TACA	2	8	152523	152530	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
439	NC_017167	ACC	2	6	152694	152699	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
440	NC_017167	AGG	3	9	152750	152758	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
441	NC_017167	ATC	2	6	152823	152828	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
442	NC_017167	ATGCG	2	10	153369	153378	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
443	NC_017167	CCG	2	6	153507	153512	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
444	NC_017167	TGA	2	6	153532	153537	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
445	NC_017167	TCC	2	6	155204	155209	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
446	NC_017167	CGT	2	6	155622	155627	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
447	NC_017167	GACG	2	8	155634	155641	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
448	NC_017167	TGA	2	6	155698	155703	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
449	NC_017167	GTTTC	2	10	155750	155759	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
450	NC_017167	CCA	2	6	156067	156072	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
451	NC_017167	ATG	2	6	156098	156103	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
452	NC_017167	AGGG	2	8	156118	156125	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
453	NC_017167	CTG	2	6	156171	156176	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
454	NC_017167	TGCG	2	8	156242	156249	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
455	NC_017167	GAG	2	6	156503	156508	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
456	NC_017167	CATG	2	8	156516	156523	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
457	NC_017167	ATC	2	6	156525	156530	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
458	NC_017167	GCG	2	6	156545	156550	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
459	NC_017167	CG	3	6	156601	156606	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
460	NC_017167	CG	3	6	158541	158546	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
461	NC_017167	AACG	2	8	158580	158587	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
462	NC_017167	CAA	2	6	158622	158627	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
463	NC_017167	CT	3	6	158654	158659	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
464	NC_017167	GCG	2	6	158976	158981	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
465	NC_017167	CGGC	2	8	159010	159017	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
466	NC_017167	GGTG	2	8	161239	161246	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
467	NC_017167	GC	3	6	163540	163545	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
468	NC_017167	T	6	6	163568	163573	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
469	NC_017167	GAAAC	2	10	164485	164494	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
470	NC_017167	CGA	2	6	164538	164543	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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473	NC_017167	CAT	2	6	165088	165093	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
474	NC_017167	GTTC	2	8	165094	165101	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
475	NC_017167	GAAG	2	8	165126	165133	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
476	NC_017167	TCG	2	6	165219	165224	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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478	NC_017167	GGT	2	6	165333	165338	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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480	NC_017167	CG	3	6	165387	165392	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
481	NC_017167	CG	3	6	165401	165406	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
482	NC_017167	AGA	2	6	169823	169828	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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488	NC_017167	CGAG	2	8	171962	171969	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
489	NC_017167	TC	3	6	173238	173243	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
490	NC_017167	AGG	2	6	173271	173276	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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